とりあえずエディタの見た目（フォントの種類・色など）の設定だけでも
バックアップするのであれば
workspace/.metadata/.plugins/ の
org.eclipse.core.runtime フォルダ
をコピーしておけばよさげ。
ちなみに
org.eclipse.ui.workbench
はパースペクティブの配置?というか，
ようは開いている窓情報を保持してるっぽい。
まぁプラグインとか全部移植するつもりなら
workspace/ ごとコピーすればいいんだけど。