とりあえずエディタの見た目(フォントの種類・色など)の設定だけでも
バックアップするのであれば
workspace/.metadata/.plugins/ の
org.eclipse.core.runtime フォルダ
をコピーしておけばよさげ。
ちなみに
org.eclipse.ui.workbench
はパースペクティブの配置?というか,
ようは開いている窓情報を保持してるっぽい。
まぁプラグインとか全部移植するつもりなら
workspace/ ごとコピーすればいいんだけど。